Isidoro Wojtuñ nació el 30 de agosto de 1950 en Pampa Bolsa (provincia del Chaco), en la familia de Józef y Marcela Wojtuñ. Es el menor de ocho hermanos. En 1936 sus padres emigraron de Polonia a Argentina junto con cuatro hijas, abandonando la localidad de Barysz (distrito Buczacz, en los tiempos de la Segunda República Polaca; actualmente Ucrania).
A bordo de un buque de pasajeros SS „Pułaski” llegaron a Buenos Aires, de allí, en tren, se fueron a Pampa del Infierno en la provincia del Chaco. En el asentamiento de Pampa Bolsa, en la finca arrendada del Estado, construyeron una casa y empezaron a vivir de la tierra y ganadería. En 1955 el padre compró la tierra del Estado Argentino y toda la familia se trasladó a Coronel Du Graty. La granja constaba de casi 150 hectáreas, de los cuales unos 40 eran campos fértiles para el cultivo. La producción se basaba, sobre todo, en el cultivo de algodón.
En 1975 Isidoro Wojtuñ se casó con Maria Wanda Malecki, a la que conocía desde la infancia. Los padres de ella se conocieron y se casaron ya en Argentina. Su padre, Marek Malecki, llegó a Argentina en 1930, su madre, Aniela Kodnia, se fue a Argentina cuando tenía tres años. Isidoro Wojtuñ durante veinte años (hasta 1994) ejerció el cargo de Director de la Asociación de Agricultores. Gracias a un programa del gobierno argentino fue a Brasil y Estados Unidos donde se instruyó en el campo de mecanización de la cosecha de algodón. En 1994, junto con su esposa y dos hijas, se trasladó a Resistencia (la capital de la provincia del Chaco). Allí se interesó por las fuentes alternativas de energía obtenida a partir de la soja, el algodón y el girasol. Unos años más tarde fundó una empresa, que hasta hoy en día se dedica a la fabricación de maquinarias para la elaboración de biodiesel. Tiene tres hijas.